清光绪九年（1883年）在玛拉巴什城置玛喇巴什直隶厅，属喀什噶尔道。光绪二十九年（1903年）直隶厅改设为州，称巴楚州，隶莎车府，下辖八大庄。1913年改设巴楚县，属喀什噶尔道，1978年后属喀什地区。