EMBL、GenBank和DDBJ是国际上三大主要核酸序列数据库。EMBL是由欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory)于1982年创建的，其名称也由此而来，目前由欧洲生物信息学研究所负责管理[Baker, 2000]。美国国家健康研究院(National Institurte of Health，简称NIH) 也于80年代初委托洛斯阿拉莫斯(Los Alamos)国家实验室建立GenBank，后移交给国家生物技术信息中心NCBI，隶属于NIH下设的国家医学图书馆(National Liabraty of Medicine，简称NLM)。DDBJ是DNA Data Base of Japan的简称，创建于1986年，由日本国家遗传学研究所负责管理。1988年，EMBL、GenBank 与DDBJ共同成立了国际核酸序列联合数据库中心，建立了合作关系。根据协议，这三个数据中心各自搜集世界各国有关实验室和测序机构所发布的序列数据，并通过计算机网络每天都将新发现或更新过的数据进行交换，以保证这三个数据库序列信息的完整性。