1798年10月20日，法国占领军当局宣布将对所有店铺和房屋征收新税，这一事件成为开罗人民第一次大规模起义的导火线。次日凌晨，愤怒的开罗人民走上街头，云集爱资哈尔清真寺，强烈抗议占领军当局这项掠夺性政策。法军开罗卫戍司令迪比得到群众集会消息后立即率部前往镇压。他不分青红皂白，悍然下令部队开枪，结果激起哗变，游行示威演变为武装起义。战斗中，起义群众击毙迪比，队伍不断壮大，一度控制开罗的大部分街区。但是起义队伍是从游行群众临时发展来的，组织松散，缺乏坚强的领导和斗争方法，没有能够与城外响应的农民取得联系，乘势扩大战果，给了法军喘息机会。惊慌失措的拿破仑从外地紧急调来大批军队进行反扑，炮轰爱资哈尔清真寺，弹尽援绝的起义队伍最终淹没在血泊中。拿破仑把开罗人民起义镇压下去以后，立即进行野蛮的报复，一天之内就杀害了四千多人。

1800年3月初，不甘屈服的埃及人民掀起第二次开罗起义，进攻法军总部和其他阵地，一度占领整个城市。起义军在城内建起弹药厂和枪炮厂，准备坚持长期作战。4月中旬，法军大批援兵赶到开罗。大敌当前，起义队伍中的长老开始动摇，主张向法军妥协。中下层起义群众严词斥责长老派的背叛行径，拒绝投降，坚持战斗。法军总司令克莱贝尔下令进攻，最后竟纵火焚烧开罗，开罗第二次起义在一片火海中失败了。但是埃及人民继续在其他地区展开游击战，迫使法军退守到主要城镇。