晋江市疾病预防控制中心是2005年4月经晋江市人民政府批准设立的公益性全额拨款的事业单位，前身为晋江市卫生防疫站。主要承担传染病、寄生虫病和地方病、慢性非传染性疾病等的预防与控制；突发公共卫生事件应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；职业危害因素控制、食源性疾病预防与控制及公共营养；实验室检测与评价；健康教育与健康促进；技术指导与应用研究等。

中心人员编制103人，设有3个职能科室和8个业务科室，现有在编职工88人，各类专业技术人员78人，其中高级职称7人，中级职称20人，大专以上学历68人，平均年龄37岁。中心占地面积11483平方米，建有卫生检测大楼和实验综合大楼各一幢，总建筑面积18000平方米，其中实验室面积7000平方米。拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、全自动微生物鉴定系统、酶标仪、全自动生化分析仪、全自动血液分析仪、荧光显微镜、P2实验室、100级洁净实验室等重要仪器设备。

几年来，晋江市疾病预防控制中心在市委、市政府及主管部门关心支持下，中心领导班子团结协作，凝聚全体职工，深入贯彻落实国家法律法规政策和各项工作任务，加强内部制度建设、加强队伍素质建设、加强设施设备投入、加强实验室质量管理，不断完善各项突发公共卫生事件应急处置预案、不断探索科学管理与改革创新，在霍乱、手足口病、甲型H1N1流感等疫情处置；在鼠疫、艾滋病、结核病、麻疹、乙肝等重点传染病防治；在职业卫生、公共场所及学校卫生等公共卫生监管及治理餐桌污染等工作中取得了显著的成效，得到各级党委、政府的充分肯定和群众的广泛认同。中心于1998年通过计量认证，2004年通过国家实验室认可，2006年通过职业健康检查资质认定，2010年通过职业病危害因素检测与评价、放射卫生防护检测与评价职业卫生技术服务机构资质认定，具备HIV抗体初筛实验室、国家盐碘实验室等资格，是福建省档案管理一级认证单位，连续多年被晋江市委市政府评为文明单位。