建湖县疾病预防控制中心位于县城人民南路324号。该卫生机构是全县急、慢性传染病和慢性非传染性疾病防治业务技术指导、卫生检验检测、健康教育和预防医学科研中心，全县预防医学技术咨询、信息管理和预防保健服务中心。

该中心现有职工68人，各类专业技术人员54人，其中具有高、中级技术职称专业人员34人，拥有原子吸收分光光度计、气相色谱仪、自动扫描紫外分光光度计、1/万电光天平等高新检测设备。主要承担本县范围内急慢性传染病和慢性非传染性疾病的预防控制和研究任务，承接社会委托的预防保健服务、公共卫生等方面的技术咨询、技术服务，为社会提供生活饮用水、食品等健康相关产品卫生检验检测、评价和报告，参与社区卫生服务，开展预防保健门诊服务。

该中心挂设“建湖县皮肤病防治所”，是全市成立最早的皮肤病、性病防治专业机构，设有综合门诊部（中心本部）、二门诊（县城秀夫路288号）、北门诊（县城人民北路195号）。对牛皮癣、白癜风、痤疮、扁平疣、皮炎湿疹等各类皮肤病有独到的治疗方法，对男女性病按照卫生部新颁布的《性病诊疗规范和推荐治疗方案》进行治疗。