嘉兴学院数学研究所是为了推动学校数学学科的建设与发展，加强数学研究　人员的对外交流与合作，为数学的发展做出贡献，于2003年成立的校级研究机构。研究所研究人员是校内部分数学教师，日常管理由数学与信息科学学院负责。

数学研究所现有研究人员33人，其中有教授6人，副教授8人，有博士9人，硕士或研究生学历者17人，由徐宪民教授、胡俊云教授分别任所长、副所长。研究方向主要有：泛函分析、最优化理论及其应用、运筹学、控制理论、代数学、拓扑学、微分方程、计算机图形学等，其中泛函分析方向有较强的研究力量，在函数空间上的算子理论与算子代数方面取得了许多重要成果，得到了国内外同行的高度评价。

数学研究所与国内外同行开展了广泛的合作与交流。著名数学大师、嘉兴学院前名誉院长陈省身先生生前十分关心数学所的发展，多次来学院指导建设工作，还亲自为数学研究所题写所名，并为师生作学术报告。2002年以来，来所访问、讲学的有：中国科学院王元院士、李炳仁研究员、美国Texas A&M杰出教授 R.G. Douglas、日本数学家Izuchi教授、美国Vanderbilt大学夏道行教授、纽约大学林芳华教授、纽约州立大学（Albany）朱克和教授、香港浸会大学方开泰教授、复旦大学陈恕行教授、陈晓漫教授、南开大学张伟平教授等二十多位国内外著名数学家。同时，研究所的教师也多次参加国内外学术会议或出国交流访问。　2004年暑期，研究所举办了《Hilbert模与Toeplitz算子、Toeplitz代数》研讨会，邀请了日本新泻大学Izuki教授、美国Vanderbilt大学郑德超教授、复旦大学郭坤宇教授到会报告。研究所坚持定期的学术活动，组织多个专题讨论班和读书报告班，就目前活跃的研究课题和各自研究的问题进行讨论，收到了很好的效果。

2002年以来，研究所人员已申报成功两项国家自然科学基金项目，三项浙江省自然科学基金项目，四项省教育厅科研项目，还参与有多项国家自然科学基金项目。研究人员在二级以上刊物上发表论文80余篇，其中在一级以上刊物发表46篇，SCI收录39篇。徐宪民教授等获浙江省教学成果一等奖一项，还有多位教师获浙江　省高校科研成果二等奖一项、浙江省自然科学优秀论文二等奖三项。