为加强湖东堤工程管理，2002年6月济宁市编委以济编办[2002]8号文批准设立了济宁市南四湖湖东大堤管理处，在此基础上，为加强南四湖水资源管理，济宁市编委以济编办[2002]28号文批准设立济宁市南四湖水资源管理处。为进一步加强南四湖水利管理，2006年11月济宁市编委以济编[2006]31号文批准济宁市南四湖湖东大堤管理处（济宁市南四湖水资源管理处）更名为济宁市南四湖水利管理局，并升格为副县级事业单位，内设综合科、工程科、水资源科、水政科四个职能科室。2008年12月济宁市编委以济编[2008]38号文将济宁市南四湖水利管理局定性为社会公益一类事业单位，经费来源由经费自理改为财政拨款，核定编制52名，其职责是： 负责南四湖水资源的统一开发管理、利用、调度、保护和合理配置；按照国家资源与环境保护的有关法律法规，拟定水资源保护规划；组织实施取水许可和水资源费征收工作；拟定南四湖管理范围内节约用水政策，编制节约用水规划工作；负责管理范围内湖东大堤堤防及其他工程的日常运行、维护和管理，负责管理范围内建设项目的审查、监督，依法征收管理范围内的水费；负责对管理范围内排污口的新建、改建和扩大提出初步审核意见并报上级主管部门批准；负责岁修工程计划安排与实施，制定防汛抢险预案与人力防守措施等工作。