磷在水中几乎只以磷酸盐的形式存在。磷酸盐可以溶解，吸附在颗粒物上，或是存在于水生生物体内。磷酸盐可能以最简单的正磷酸盐（PO43-）形态存在，也可能以分子量更大的形态，例如缩合磷酸盐和有机磷酸盐，存在。

正磷酸盐常被称为活性磷，因为只有这种磷酸盐会和比色法测定磷酸盐的试验中所用的试剂直接发生反应。这种类型的磷酸盐被植物、细菌和藻类所利用，被认为是湖泊等地表水体中的一种限制性营养盐。化肥含有正磷酸盐，并可能随着农业用地的径流进入水体，使水体中含有大量磷元素。