黄配玄（？－？）江西省抚州府乐安县（今江西省乐安县）人，明朝政治人物，同进士出身。

崇祯七年（1634年），登进士，授怀宁县知县。此後升任南京兵科给事中。崇祯十四年（1641年），任安庐巡抚。