呼和浩特市地方病防治研究所于2002年3月正式组建成立，属全额事业单位，科级。现有人员22人，其中专业技术人员20人（高级5人、中级4人、初级11人），大专以上学历16人。

呼市地方病防治研究所承担呼市地区鼠疫、布鲁氏菌病、碘缺乏病、地方性砷中毒、地方性氟中毒等地方病的防治、科研、培训工作。单位内设综合办公室、鼠疫布鲁氏菌病监测控制科、碘缺乏病监测控制科、砷中毒氟中毒监测控制科、中心检验室5个科室。办公地点位于呼市金桥开发区呼和浩特市疾病控制中心大楼五楼。