杭州市科普教育基地联合会是在杭州市科普教育基地的基础上发展成立起来的，由科普教育基地成员单位依法成立的跨行业、跨系统、跨部门，松散型的社会性组织。2010年9月13日正式成立，并在杭州市科学技术协会的指导下开展工作。2010年已发展成员单位33家，涵盖天文、消防安全、海洋生物、环境保护、机械自动化、动植物保护、农业科技、信息技术、科技特色教育等多个学科领域。

杭州市科普教育基地联合会的宗旨是：遵守宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚。通过对科普基地、科技教育特色学校等资源的整合与应用，搭建合作与交流平台，实现共建共享、互惠互利，推动杭州市科普活动的开展和科普队伍的建设，积极营造普及科学知识、弘扬科学精神、宣传科学思想和方法的良好社会环境，为提高全市公民的科学素质和构建和谐社会做贡献。