海峡两岸（昆山）商贸合作区将依托昆山台资企业密集及长三角地区强大的制造业优势，上海“两个中心”和虹桥交通枢纽加快建设的机遇优势，花桥经济开发区现代服务业集聚的优势，太仓港与台湾高雄港直航的优势，通过港区联动，规划建设集台湾产品、商品集中采购、批发零售、展览展示和商务办公于一体的现代化贸易区。按照功能定位和产业发展需求，商贸合作区初步规划面积3.65平方公里，重点建立台湾商品交易中心，台湾商品展示中心、台湾商品分拨配送中心、台湾商品物流保税中心和综合服务配套中心“五大中心”，着力打造服务江苏、长三角地区乃至全国的台湾商品集散地。

目前，海峡两岸商贸合作区的一批功能平台已经建成，并陆续投入运行，到今年底，将完成合作区内一期功能项目的投运和二期项目的启动建设。投运项目包括宝湾物流（华东）配送中心、迪卡侬（中国）配送中心、东南东台湾文化美食城、中国国际采购中心和赛格台湾电子交易市场等。预计2011年，建设中的台湾商品交易中心竣工并形成规模。海峡两岸（昆山）商贸合作区将力争用3—5年左右时间，形成每天3万人的商务流量，实现年贸易额500亿元，进出口100亿美元的规模。