不完全连锁（incomplete linkage）：位于同源染色体上的非等位基因的杂合体在形成配子时除有亲型配子外，还有少数的重组型配子产生的现象。

两不完全连锁的非等位基因的杂合体产生4种数目不等的配子，其原因在于： 一对同源染色体上的非等位基因之间，在减数分裂过程中通常会交叉断裂而发生交换，导致基因重组，发生交换而使基因重组的某孢(性)母细胞形成4种比例相等的配子(亲本型配子AB和ab和重组型配子Ab和aB)，而在该位点不发生交换或虽发生交换但未导致基因重组的孢(性)母细胞只形成2种亲本型配子(AB和ab)。因此，两个性状的连锁遗传中，杂种后代只出现少量的重组型个体。重组型个体在杂种后代群体中出现的概率P(0≤P≤50%)取决于两对基因间发生交换的几率，一般用重组值(Rf)(F1代孢/性母细胞产生的重组型配子数占配子总数的百分率)表示。重组值的求算方法常有测交法和自交(F2)法两种。一般玉米等异花授粉作物和动物，多采用测交法来测定重组值，而小麦，水稻等自花授粉作物，由于测交法的工作量太大，常用自交法。