海淀区工商业联合会成立于1951年6月，海淀商会纳入北京市工商联系统。何宜昌任主任，侯明、张银柱任副主任，张泮藻任秘书长。1956年10月，第二届会员代表大会选举陈宝森为主任委员。1980年9月，区工商联恢复活动，成立北京市工商业联合会海淀区办事处。陈宝森任主任，许世全、高巨璋、李茂永、何宜昌任副主任，杨学恭任秘书主任。1993年，恢复工商联区级组织，称为北京市海淀区工商业联合会，第五届会员代表大会选举陈宝森为主任委员。2006年7月24日，第八届会员代表大会选举产生八届执委会55人，孙狄连任会长。现任工商联党组书记为海淀区委统战部副部长林虹兼任。 海淀区工商联现有田村路地区、清河地区、苏家坨地区3个分会和海淀区种子商会、北京市电子商会IT经销商会2个团体会员单位，并与海淀区个私协会、饮食服务协会、户外广告协会等协会建立了紧密联系。设有参政议政、社会服务、精神文明建设、会员服务和组织发展等5个专委会。会员累计约1000户。本届会员中，有全国人大代表1名；市人大代表1名，市政协委员3名；区人大常委1名，区政协副主席1名，政协常委4名，政协委员36名。

2006年12月创办了内部刊物《海淀工商联会刊》。