在国民党军的编制序列中，历史上曾先后出现过5个第13军。

一、“建国豫军”樊钟秀一部组成的第13军

该军前身是河南军阀樊钟秀的“逃逆豫军”。1924年，樊钟秀豫军奉孙中山之令率部驰援广州，在东征作战中击败广东军阀陈炯明，受到孙中山的嘉奖，所部被编为“建国豫军”，1926年9月，“建国豫军”一部被国民政府扩编为国民革命军第13军，樊钟秀任军长。1927年6月，该军改番号为第45军。

二、第2军一部组成的第13军

该军前身是国民革命军第2军一部。1927年5月，国民革命军第2军教导师、第5师和新成立的第39师合编组成第13军，陈嘉祐任军长，谭道源任副军长。下辖：第5师，成光耀任师长；第38师（由教导师改编），李韫衔任师长；第39师，岳森任师长。第13军编成后，由广东开始出师北伐，驻守湘南地区，负责对广东、贵州方向的警戒。同年10月，南京政府西征讨伐唐生智时，该军北湖南军阀程潜收编。1928年2月，该军改番号为第14军。

三、黔军一部组成的第13军

该军前身是黔军第10军、第14军各一部。1927年9月，白崇禧将黔系赖世璜第14军缩编为1个师，以熊式辉任师长；同年10月，白崇禧又将黔系王天培第10军缩编成为两个师，与熊式辉师合编组成第13军，白崇禧任军长，熊式辉任副军长，下辖：第1师（不久该师改称为第37师），熊式辉兼任师长；第2师，杨胜治任师长；第3师，王天锡任师长。该军编成后，在白崇禧的率领下开始北伐唐生智。第37师在北伐抵达上海时，因担任卫戍淞沪之责未能继续随军北伐，并由此脱离第13军。同年12月，白崇禧在武汉将原第2路军总指挥部所属辖5个补充团改编成第38、第39师，分别以张定璠 、吕焕炎任师长，隶属该军编制。不久，该军又增编1个师，以侯莅霜任师长。1928年5月，该军由武汉继续北上，参加北伐奉军作战。年底，该军缩编为第4集团军第14师。

四、鄂军夏斗寅部组成的第13军

该军前身是鄂军夏斗寅部。1927年4月12日，蒋介石发动“四一二”反革命事变后，鄂军第1师师长夏斗寅积极追随蒋介石，所部被蒋收编为第27军。后不久，在国民党军编谴中，第27军被缩编为第13师，辖两个旅：第37旅，万耀煌任旅长；第38旅，朱怀冰任旅长。1929年12月，因蒋（蒋介石）、冯（冯玉祥）、阎（阎锡山）战争的需要，蒋介石将第13师与第9、第11师合编为第13军，下辖第13师，夏斗寅任军长兼师长。该军组成后北编入讨逆军第9路军，参加了中原大战。1932年4月，该军番号撤消。

五、第88、第89师组成的第13军

1933年夏，国民党军为加强长城沿线的抗战力量，将第88、第89师合编组成第13军，钱大钧任军长，李祖植任参谋长，下辖：第88师，孙元良任师长；第89师，汤恩伯任师长。1933年长城抗战结束后，徐庭瑶的第17军被撤消，该军第4师改隶第13军。此时，军长钱大钧调走，该军部队由第89师师长汤恩伯指挥，1935年9月30日，汤恩伯正式任该军军长。

1937年7月，抗日战争全面爆发后，该军隶属第7集团军，汤恩伯任军长，鲍刚任副军长。下辖：第4师，王万龄任师长；第89师，王仲廉任师长。同年8月，该军在平绥线上抗击日军，而后又参加平汉路北段南口防御作战。10月，汤恩伯被任命为第20军团长后，鲍刚升任军长。1938年初，张轸任军长。同年6月，汤恩伯升任第31集团军总司令，张轸接任第20军团长，王仲廉接任该军军长。此时，该军下辖第23师，李必蕃任师长；第110师，吴绍周任师长；新编第35师，王劲哉任师长。不久新编第35师改称第128师。参加了徐州会战、武汉会战。1939年初，国民党军在整编中，该军奉命将第23师与第85军第89师对调建制关系；第128师脱离该军建制，改隶湘鄂赣边区游击队总指挥部；原第89军第193师改隶第13军。此次整编后，该军下辖第89、第110、第193师，留置桐柏山区游击。1940年1月，张雪中任军长。同年4月，该军第193师该隶新编第2军，另将新组建的新编第1师列人该军编制序列。1942年下半年，该军第110师与第85军第4师对调蒋制关系，第4师改隶第13军。7月30日，张雪中升任第31集团军副总司令，第85军副军长石觉代理该军军长。1943年初国民党军在整训中，将该军第110师改隶第85军，同时将原属第89军的第117师改隶第13军。同年5月，石觉实任军长，吴绍周、王毓文、王公亮、舒荣任副军长，张纯玺任参谋长。此时，该军下辖：第4师，蔡剑鸣任师长；第89师，舒荣兼任师长；第117师，刘漫天任师长。1944年5月，暂编第16师调归该军编制序列，参加了豫中会战。同年9月，该军第117师改隶暂编第1军，另将新编第8军暂编第16师改隶第13军。同年底，第13军奉命调往贵州，据守贵阳。1945年2月，第13军所属暂编第16师被裁减，另将被撤消建制的第9军第54师改隶第13军。同年4月至5月，该军参加湘西会战和收复桂林之战。

1945年8月，抗日战争胜利后，该军由秦皇岛海运东北地区，隶属东北行营，为国民党军队进入东北的前锋军。于1945年冬，该军先后进占山海关、九门口、锦州等地。1946年1月，该军主力沿锦（州）承（德）一线，向热河解放区大举进攻，企图夺取承德和赤峰等要点，并在华北国民党军的配合下，占领整个热河省，发起了进攻热河战役。但在此次作战中，该军被人民解放军歼灭2000余人。同年2月中旬，该军第89师孤军冒进进占了辽西秀水河子地区。人民解放军在侦得这一情报后，当即将其严密包围，集中兵力于2月13日黄昏对其发起攻击。被围的国民党军拼死抵抗，双方激战至14日晨，将其第266团和第265团1个营、师属山炮连、汽车连全部被歼灭，毙俘1400余人。7月，该军驻热河承德，隶属东北保安司令长官部，主要担任热河地区的守备和局部地区机动作战任务。同年冬，该军开至东北。此时，下辖：第4师，骆振韶任师长；第54师，史松泉任师长；第89师，万宅仁任师长。同年12月至1947年4月，该军先后参加了对南满解放区进攻的临江进攻战（解放军称四保临江战役）第4次作战、松花江以南防御解放军进攻战役（解放军称三下江南作战）的第3次作战和1947年的东北夏季防御作战等。其第89师在对临江的第4次进攻作战中，被人民解放军全歼，师长万宅仁化装潜逃。

1947年秋，该军第54师调出，与新6军第14师及新建的暂编第59师合编为新编第3军。在此同时，该军将收编的地方保安团队编成的暂编第63师列入该军序列。其后，参加了东北秋季战役（解放军称东北秋季攻势作战）、东北冬季战役（解放军称东北冬季攻势作战）。

1948年5月，国民党军调整作战部属，热河省划归华北“剿总”管辖，第13军随之改隶华北“剿总”指挥，参加了冀热察战役（解放军称出击冀热察战役）。同年11月，军长石觉调第9兵团任兵团司令职。另以第9兵团副司令骆振韶兼任军长，胡冠天任副军长，全英任参谋长。此时，该军下辖：第4师，骆振韶兼任师长（后邓邦捷接任师长）；第89师，刘建章任师长（后胡冠天、潘如涵接任师长）；暂编第63师，（后改番号为第297师)欧孝全任师长。同年9月，辽沈战役开始后，该军隶属冀热辽边区司令部，曾由承德出兵增援辽西。辽沈战役结束后，华北国民党军收缩兵力，该军由承德撤到北平附近地区，并大肆扩编队伍，第155师和第299师此时隶属该军序列，使其所辖军队达到5个师。1949年1月，该军第155师两个团、第297师1个团在密云被人民解放军全歼。1月21日，在北平和平解放前夕，该军军长骆振韶、副军长胡冠天、参谋长全英及师以上军官等，由北平乘飞机逃走南京，留在北平的部队接受人民解放军的和平改编