广州中医药大学体育健康学院正式成立于2006年。1956年广州中医学院建校伊始就成立了体育教研室。在学校领导的关怀下，广州中医药大学体育工作陪伴着学校发展在磨练中不断成长。共同经历了开创阶段、十年文化大革命的停滞阶段、改革探索阶段和深化改革阶段。经过几代体育工作者的团结奋进和不懈努力，该校体育工作迈上了崭新的台阶。2003年体育教研室由基础医学院下的一个教研室提升为为学校的二级单位---体育部。为满足我国医药卫生事业以及体育事业发展的需要，进一步发挥该校医体结合办学资源优势，由体育部牵头，该校开始申报有医体结合特色的“体育教育”新专业（保健体育与健康教育方向），并于2005年3月获批。2006年11月成立“体育健康学院”。

体育健康学院下设党政办公室、体育教研室、群体教研室、理论教研室四个科室。承担着全校公共体育教学、体育专业人才的培养、学生体质健康标准测定、群体竞赛活动开展、高水平运动队伍培养、校园体育文化建设、体育科学研究以及体育场馆的建设与维护工作。在学校建设中发挥着日益重要的作用。

从2005年招生伊始，学院就一直坚持贯彻医体结合、凸显特色、文体并重、全面发展的素质教育人才培养理念。虽然新专业在发展过程中遇到问题和困难，但是全院上下群策群力，给学生营造了一个良好的成长成才环境。建院时间虽短，但在校内各种体育竞赛、演讲比赛、讲课大赛、文艺演出等活动中，都留下体育健康学院学子矫健的身影和夺人的风采。目前，学院招收体育专业学生四届共计310人。拥有体育教师28名，教辅人员1名，专职辅导员1名。其中副教授11名，讲师9名，助教8名。博士1人，硕士10人，本科19人，其中有11名参加了研究生必修课程的进修。该院教师获得国家健将级运动员称号2人，国家一级运动员3人，国家级裁判3人，国家一级裁判9人。