赣南医学院药学院是在原药学系、药理学教研室基础上于2008年3月组建而成。下设药学院办公室、学生工作办公室、无机化学与物理化学教研室、有机化学教研室、药物化学教研室、天然药物化学教研室、生药学教研室、分析化学与药物分析教研室、药剂学教研室、药理学教研室、医用化学教研室、化学与药学实验室。拥有江西省高校重点实验室——“天然药物研究与开发重点实验室”。

学院现有教职工39人，其中教授8人，副教授6人，副高职称以上人员占35.9%；博士4人，硕士23人，硕士学历以上人员占69.3%。其中享受国务院特殊津贴2人，江西省中青年骨干教师5人，省级学科带头人1人，硕士研究生导师7名，入选江西省百千万人才工程4人。国家药理学会理事1名、江西省药理学理事3人，常务理事1名。药理学学科为江西省“十五、十一五”重点学科，2006年药理学被评为省级优质课程，2007年药物化学被评为学校重点建设学科。

设在学院内的江西省高等学校天然药物研究与开发重点实验室，开展了天然药物物质基础分析、心血管疾病药物研究、神经系统药物研究、免疫系统药物研究等四个研究方向，既有分工又有交叉融合，形成了多学科结合的强有力科研集体，推动了学科的建设和发展。现有固定资产近900万元，拥有先进的高效液相色谱仪(HPLC)、气质联用仪(GC-MS)、傅立叶红外光谱仪(IR)、原子吸收光谱仪(AAS)、八道记录仪、动物脑立体定位仪、多道生理信号采集处理系统、流式细胞仪、荧光定量PCR、荧光生物倒置显微、PCR扩增仪、二氧化碳培养箱等实验教学和科研仪器。

学院以天然药物研究与开发为重点科研方向，主攻赣南中草药的开发与应用，近年承担各级各类课题74余项，其中主持承担了国家自然科学基金3项，省自然科学基金7项，省卫生厅和教育厅课题22项；多项科研成果达到省内领先、国内先进水平，获江西省高校科技成果二等奖1项；发表专业学术论文200余篇，其中中文核心期刊百余篇，SCI收录20多篇；主编和参加编写教材和专著20多部。