1963年，始建于地区卫生防疫站，1997年地改市成立阜阳市卫生防疫站，2005年3月机构改革由市地方病防治站、市结核病防治所和市出血热研究所等四单位撤并重新组建阜阳市疾病预防控制中心，内设机构20个，核定事业编制110名。中心现有人员130人。其中卫生技术人员96人，其他技术人员16人，专业技术人员共计112人，占总人数的86%，高级职称17人，占15.2%；中级职称33人，占29.5%；初级职称41人。专业技术人员中本科学历27人，占24.1%；大专学历37人，占33%；中专及以下学历48人。

阜阳市疾病预防控制中心承担着全市900多万人口的卫生监测、检测，地病、结核病、艾滋病、急性传染病及慢性非传染性疾病的预防控制、突发公共卫生事件的调查处理和疾病预防控制技术指导与培训等工作。中心总占地面积20.14亩，办公用房4000平方米，实验室2000平方米，辅助用房690平方米，门面房600平方米。

中心具有省级计量任证资格。