福州南禅寺的建成于五代梁乾化年间(912年)，为福州四大禅寺中建寺最晚的。

《闽都记———梁夹城图》有载，闽王王审知筑夹城时，东、西、北三城门外已有东禅寺、西禅寺、北禅寺存在，唯南门没有禅寺。王审知为改变南郊寺院独缺现状，在今南禅山边，大兴土木建寺，名南禅院，因寺中祀有千尊佛像，故又名千佛南禅院，俗称南禅寺。至此，福州才形成四城门四禅寺的布局，而福州南郊默默无闻的小山也因寺得名南禅山。此地名今日尚在，途经此处的公交线路中还有一个“南禅山”站，现121路等公交车都可以到达。

福州十四中退休教师吴柏棠曾在十四中校志里描述，寺前植有几十株非常高大的榕树，寺院山门掩映在绿树枝叶之中，寺院山门两旁立着四大金刚，大雄宝殿塑有三清佛祖，一应设施与今天西禅寺相仿。

按吴柏棠老师考证，1904年，一帮教育救国者，借南禅寺院开办“福州私立开智学校”。

1917年左右，台江发生特大火灾，南禅寺亦在这场大火中化为灰烬。后来重建时，庙地建起了西洋式的“私立开智学校”(后改名福州十四中学)校舍，从此南禅寺就消失了。