洪武八年(1375年)以福州都卫改置，设于福州，公署在布政司之东南(今鼓东都司巷)。统领福建沿海卫所军，防守海疆，与设在建宁的福建行都指挥使司同为福建军事领导机构。长官有都指挥使(正二品)1人、都指挥同知(从二品)2人、都指挥佥事(正三品)4人，本司有职员29人。其属有经历司、断事司、司狱司及仓库、草场等，共有职员18人。