分子设计及药物发现研究所是2006年才成立的教学与科研机构。主要承担从药物分子设计到药物合成筛选,及药物与靶点之间相互作用机理研究等的药物发现过程的教学与科研任务。 分子设计及药物发现研究所还在发展与完善中。已接受职位并已报到上岗教学及研究人员4人；其中，教授（博导）1人。本着前瞻与发展的思考，在大学及学院的支持关怀下，研究所已投入巨资，正在采购与安装目前国内与国际上公认并且广为应用的完整全套计算机药物辅助设计软件，同时计划短期内安装立体视界系统。这将有助于缩小与国际上同类研究所室的装备上的差距，并争取尽快成为国内装备较为完善的分子设计基地之一。分子设计及药物发现研究所还拥有庞大的专业数据库。同时，有机合成实验室也在重新装修中。装修后的实验室将以崭新的面貌出现，可望成为有抱负者可施展的舞台。