多元溯因法，是一种根据已观察现象的特征，从多个角度追溯可解释该现象的可能原因的推理方法。

事物现象间的因果联系是很复杂的，某一现象可能由多种不同的现象分别引起，也有可能由相互联系的多种不同的现象引起。因此，人们追溯某一现象的原因，可从不同角度推测出不同的原因。

多元溯因法可用以下公式表示：

某一现象E

如果H1，则E可被解释

如果H2，则E可被解释

……

如果Hn，则E可被解释

因此，H1 或H2 ，……，或Hn

多元溯因法在人们探索事物现象机理时被大量运用。这里，让我们看一看美国生物学家沃森和英国生物学家克里克对生物遗传基因物质DNA的化学结构及其机制的探索过程。

1940年代，美国细菌学家艾弗里等人已发现并确认生物遗传的物质基础是DNA而不是蛋白质。这时，一直在探索分子水平上基因结构及其功能的沃森与克里克，希冀弄清楚DNA物质如何在结构上同生物学功能相适应的问题。他们认为，在DNA分子中，核苷酸的任何排列都必须能说明分子如何忠实地复制自己。他们根据已有的研究资料，初步推测到DNA分子的基本形式是不同碱基的互补配对。但对于这种配对方式，他们却提出了多种设想([美] G.E.艾伦.二十世纪的生命科学.谭茜等译.北京：北京师范大学出版社，1985.291-292)：

在1952年春天，克里克就认识到，不同碱基的互补配对很可能是形成DNA分子的基本形式。这个认识极为重要，因为它揭示了分子如何能够联结在一起，以及如何能够复制的原因。然而，分子是由几条链组成，或者它们彼此的空间关系如何则还没有证据。

……

1952年冬……可供选择的方案本身已缩减到两链或三链分子（不是单链），这种链基朝内，糖－磷酸骨架朝外，或是碱基朝外，糖-磷酸骨架朝内。

这样，他们对DNA物质配对方式提出了以下4种猜测假说：H1：碱基朝外而糖-磷酸骨架朝内的二链式；H2：碱基朝内而糖-磷酸骨架朝外的二链式；H3：碱基朝外而糖-磷酸骨架朝内的三链式；H4：碱基朝内而糖-磷酸骨架朝外的三链式。随后，沃森和克里克对这4种假说进行分析研究，排除了H1、H3和H4，选择了H2，并且在另一化学家J.多诺林的协助下找到了双螺旋式结构。

从这里，我们可以看出，多元溯因法的推测是多元的、不确定的。多元溯因法往往使人们进一步运用其他研究方法，在比较多元假说优劣的基础上，以求揭示事物现象的真正机理。