大清厦门邮政官局设在海关总署，由总税务司赫德兼总邮政司；各地大清邮局也都附设在海关里，并由当地海关税务司兼邮务长。因而当时的大清邮局，又有“海关信局”之称。清同治五年(1866年)，在厦门海关设立邮务办事处。光绪二十三年(1897年)正月，在厦门海关正式开办大清厦门邮务总局，由海关派华员郭兆春、李锦南充任供事。

邮政创办初期，全国邮政划分为华北、华中、华东、华南4个大邮区、41个邮界，厦门与福州、三都澳同属于华南大邮区，是全国第一批41个邮界之一，称为厦门邮界。

清光绪二十六年(1900年)五月，厦门邮务总局在海澄县(今龙海市)石码设立代办所，成为福建省第一个邮政代办所；同年五月底，又设漳州分局。此后到光绪三十一年(1905年)，厦门邮务总局的邮界范围包括5个府、20个县，西至永安、汀州(长汀)，南至漳州的诏安，北至泉州的永春、德化，覆盖闽西、闽南，相当于半个福建省。总局下属的支局1个、分局9个、代办所74个。

清宣统二年十月十五日(1910年11月16日)，厦门邮界改为副邮界，厦门邮务总局改为分局，归属福州邮政司领导。宣统三年四月初三日(1911年5月1日)，大清邮政总局从海关总署移归邮传部管辖，各省、各地邮政局也先后从海关分出单独成立机构。此前，历任邮政司正、副司事均由海关税务司和海关委派人员兼任、担任。先后兼任厦门邮政司事的海关税务司有：师范西(英)、阿理嗣(比利时)、嘉兰贝(法)、包罗(英)、绵嘉义(西班牙)、威礼士(德)、巴尔(英)等。同年五月初三日，厦门邮务分局接管厦门海关邮务司业务，海关兼办邮务从此结束。其时，厦门副邮界有分局1个、岛内支局2个、内地局和支局20个、代办所124个、职工374人。