1988年初经国务院和海关总署批准，在大东港口岸设立中华人民共和国大东港海关。大东港海关于1988年筹备，同年经大连海关批准开始办理海关业务，1992年11月8日正式开关。

大东港海关位于东港市桥南经济开发区，下设办公室、行邮科、稽查科、查验科、边贸监管科、通关管理科、人政科、缉私科、机关服务中心共九个科室，主要负责东港地区外贸企业、大东港一类口岸以及大鹿岛和大台子两个二类口岸对外贸易的监管工作，隶属于大连海关。现任关长吕建军，副关长王福亭、宫国政。