在保圣寺罗汉殿之东则，以展出甪直澄湖遗址出土文物为主的文物馆，馆内陈列了不同时期、形态各异的水井；崧泽文化时期的彩绘陶瓶、黑皮陶壶；良渚文化时期的提梁壶；西周时期的陶尊、东周时期的铜削等珍贵文物；距今5500年的原始村落模型。用生动形象的手段展示了甪直先民五千多年以来的生产、生活情景。

发掘，发展了大量的古文化遗存，其中崧泽文化时期水稻田是江南地区首次发现。虽然，长江下游水稻栽培的历史起源于6000年前的马家浜文化时期，然而崧泽文化时期的稻田及其相配套的池塘、水沟、水口等农用排灌系统的出现，证明了这一时期的人类种植水稻技术较马家浜文化时期更进了一步，这对研究长江下游地区水稻田的发展、演变、进化史有着深远的意义。

此外，大量水井、灰坑聚集在一起，说明这里的地理环境非常适合人类居住。人类从距今5500年前开始在澄湖地区活动，并繁衍生息连绵不断延续到宋代，之后开始向东北转移逐步形成现在的甪直镇。这次考古发掘及多学科合作成果，对研究澄湖地区人类活动及历史变迁提供了极为珍贵的实物资料。