北洋政府直辖机关包括大总统、国务院、各部直辖机关三类。

大总统直辖机关

大总统直辖机关主要有：①参谋本部。最高军令机关。始置于南京临时政府。设总长、次长各一人。其职权为辅佐大总统统筹军务，掌理有关国防用兵事宜。1927年7月12日并入军事部。②将军府。最高军事顾问机关，1914年6月30日成立。置管理将军府事务一人。设上将军、将军、参军若干，以陆海军高级军官充任。除留府会议军务外，得派驻各省，组织将军行署，督理军务。1925年1月1日裁撤。③审计院。初名审计处，于1912年10月23日成立，1914年6月16日改为审计院。设院长、副院长各一人。其职权主要为审定国家岁出、岁入决算。④蒙藏院。管理蒙古、西藏地区少数民族事务的机关。初名蒙藏事务局，属国务院，于1912年7月24日成立。1914年5月17日改为直属大总统的蒙藏院，地位与各部相同。置总裁、副总裁主持该院事务，下设总事、秘书两室，总务厅，第一、第二两司和民治、宗教、翻译、边卫等科（见蒙藏院和蒙藏委员会）。

国务院直辖机关

国务院直辖机关主要有：①法制局。掌办草拟、审定法令事务。始设于南京临时政府，一度改属政事堂。1924年12月4日废，1927年7月12日复设，仍属国务院。②铨叙局。掌办人事行政机关。始设于南京临时政府，一度改属政事堂和段祺瑞临时政府。③印铸局。始设于南京临时政府，后来的变化，同铨叙局。其职权主要有：印刷官方文书用纸；制造勋章、徽章、印信、关防等；刊行公报、职员录、法令全书等。④统计局。掌办各有关统计事务。初设于1916年5月4日，其后变化，同印铸局。⑤全国水利局。掌办水利并沿岸垦辟事务。设于1914年1月8日。⑥币制局。初设于1914年3月6日，12月27日裁归财政部。1918年8月10日复设，1923年12月15日复裁，仍归财政部。其职权主要有：监督全国造币厂；监督中国银行、国民银行发行券；监督、整理各省官银钱号；筹备其他有关币制事项。⑦侨务局。初名侨工事务局，于1917年9月20日成立。1922年1月20日改为侨务局。掌办本国在外侨民移殖与保育事项。⑧航空署。1921年1月由航空事务处改为航空署。直辖南苑航空学校等。1927年6月并入军事部。

各部直辖机关

各部直辖机关主要有：①外交部的驻外使领馆、各省交涉署、太平洋会议筹备处、督办鲁案善后事宜公署、关税特别会议委员会、法权讨论委员会、中俄会议委员会等。②内务部的筹备国会事务局、赈务处、河务局、护军管理处等。③财政部的盐务署、盐务稽核所、全国烟酒公卖局、全国烟酒事务署、国税厅总筹备处、印花税处、造币厂、采金局、中国银行、交通银行等。④陆军部的陆军监狱、陆军测量局。⑤海军部的海军总司令处、海军舰队司令处、海军军港司令处、海道测量局等。⑥司法部的特种司法事务委员会、司法储材馆。⑦教育部的中央观象台、编译馆。⑧农商部的矿政监督署、地质调查所、林务处、商标局。⑨交通部的铁路管理局、电政管理局、邮政总局等。