长老教会教堂位于偕医馆的旁边，由于淡水是马偕牧师开始传教的地方，因此这座教堂也就成为台湾教会的发源地。教堂建立于1891年，原来是白色的外墙与方形锺塔的建筑。1932年重建时改用红砖，成为今天的 “仿歌德式” 教堂。