北京市性病防治所成立于1987年 2月11日,原名为北京市皮肤病防治研究中心,是当时全国的十六个性病监测点之一。在市卫生局的领导下,担负着全市性病防治的具体业务工作。1988年3月开设了北京市首家性病专科门诊。1989年6月,市卫生局为了进一步加强本市的性病防治工作,决定将北京市皮肤病防治研究中心挂靠到北京市卫生防疫站,改名为北京市性病防治所,原有各项性病防治任务均由北京市性病防治所继续承担。1990年12月30日经市卫生局决定,将北京市性病防治所挂靠到北京佑安医院。佑安医院院长兼性病防治所所长。党政管理及财务纳入北京佑安医院,对外为独立业务单位。承担全市性病的诊断、治疗、预防、宣教、培训、高危人群监测、疫情管理、科研等任务。