| 词条 | 保护碱基 |
| 释义 | 定义限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。 原理在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。 其次，在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相临的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。 添加原则添加保护碱基，需要考虑两个因素：一是碱基数目，一是碱基种类。 添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的，见附表。 添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。 附表Fermentas提供的保护碱基数目和酶切活性对应值表 注：酶切活性值出现空格时参考前一格。 内切酶 碱基数目和酶切活性（%） 1 2 3 4 5 AarI 20-50 50-100 AasI 50-100 AatII 0 0-20 20-50 50-100 Acc65I 0-20 50-100 AdeI 50-100 AjiI 50-100 AluI 0-20 20-50 50-100 Alw21I 50-100 Alw26I 50-100 Alw44I 0 20-50 50-100 ApaI 50-100 BamHI 50-100 BauI 0-20 20-50 50-100 BcnI 20-50 50-100 BclI 0 50-100 BcuI 50-100 BfiI 50-100 BfmI 50-100 BfuI 50-100 BglI 20-50 50-100 BglII 0 50-100 Bme1390I 20-50 50-100 BoxI 0 50-100 BpiI 50-100 Bpu10I 20-50 50-100 Bpu1102I 50-100 BseDI 0 50-100 BseGI 50-100 BseJI 0 50-100 BseLI 0 50-100 BseMI 0-20 50-100 BseMII 50-100 BseNI 0 50-100 BseSI 50-100 BseXI 20-50 50-100 Bsh1236I 50-100 Bsh1285I 0-20 50-100 BshNI 50-100 BshTI 20-50 50-100 Bsp68I 0 50-100 Bsp119I 50-100 Bsp120I 20-50 50-100 Bsp143I 50-100 Bsp1407I 20-50 50-100 BspLI 50-100 BspPI 0 50-100 BspTI 0 0-20 50-100 Bst1107I 0-20 50-100 BstXI 0 50-100 Bsu15I 50-100 BsuRI 0-20 20-50 50-100 BveI 0-20 50-100 CaiI 0 0-20 50-100 CfrI 0 50-100 Cfr9I 20-50 50-100 Cfr10I 20-50 50-100 Cfr13I 50-100 Cfr42I 50-100 CpoI 50-100 CseI 50-100 Csp6I 50-100 DpnI 50-100 DraI 0 0-20 50-100 Eam1104I 0 50-100 Eam1105I 0 50-100 Ecl136II 50-100 Eco24I 50-100 Eco31I 20-50 50-100 Eco32I 20-50 50-100 Eco47I 50-100 Eco47III 0 0-20 50-100 Eco52I 0-20 50-100 Eco57I 50-100 Eco57MI 50-100 Eco72I 0-20 50-100 Eco81I 50-100 Eco88I 50-100 Eco91I 20-50 50-100 Eco105I 20-50 50-100 Eco130I 0 50-100 Eco147I 0 50-100 EcoO109I 50-100 EcoRI 50-100 EcoRII 0 0-20 20-50 50-100 EheI 20-50 50-100 Esp3I 50-100 FaqI 0-20 50-100 FspAI 0-20 20-50 50-100 FspBI 20-50 50-100 GsuI 50-100 HhaI 50-100 Hin1I 50-100 Hin1II 0 0-20 50-100 Hin6I 0 0-20 50-100 HincII 50-100 HindIII 0 0-20 50-100 HinfI 50-100 HpaII 0-20 50-100 HphI 0 50-100 Hpy8I 0-20 50-100 HpyF3I 20-50 50-100 HpyF10VI 50-100 KpnI 50-100 Kpn2I 0 50-100 KspAI 20-50 50-100 LguI 50-100 LweI 20-50 50-100 MbiI 0 0-20 50-100 MboI 50-100 MboII 50-100 MlsI 0-20 50-100 MluI 20-50 50-100 MnlI 0 50-100 Mph1103I 20-50 50-100 MspI 0-20 50-100 MssI 20-50 50-100 MunI 20-50 50-100 MvaI 0 20-50 50-100 Mva1269I 0 50-100 NcoI 0 50-100 NdeI* 0-20 20-50 50-100 NheI 0 20-50 50-100 NmuCI 20-50 50-100 NotI 20-50 50-100 NsbI 0 0-20 50-100 OliI 0-20 20-50 50-100 PaeI 0 0-20 20-50 50-100 PagI 20-50 50-100 PasI 50-100 PauI 0 50-100 PdiI 0-20 50-100 PdmI 50-100 PfeI 50-100 Pfl23II 0-20 20-50 50-100 PfoI 0 20-50 50-100 Ppu21I 50-100 PscI 0 50-100 Psp5II 0 50-100 Psp1406I 0-20 50-100 PsuI 0-20 50-100 PstI 0-20 50-100 PsyI 0 50-100 PvuI 20-50 50-100 PvuII 50-100 RsaI 50-100 SacI 50-100 SalI 20-50 50-100 SatI 0 50-100 ScaI 0-20 50-100 SchI 50-100 SdaI 0-20 50-100 SduI 50-100 SfiI 50-100 SgsI 50-100 SmaI 50-100 SmiI 0-20 50-100 SmoI 0 50-100 SmuI 50-100 SsiI 50-100 SspI 0-20 50-100 TaaI 20-50 50-100 TaiI 50-100 TaqI 0 20-50 50-100 TasI 0 20-50 50-100 TatI 0-20 20-50 50-100 TauI 20-50 50-100 Tru1I 0 0-20 50-100 TsoI 20-50 50-100 Van91I 0 50-100 VspI 50-100 XagI 20-50 50-100 XapI 20-50 50-100 XbaI 20-50 50-100 XceI 0 50-100 XhoI 0-20 50-100 XmaJI 50-100 XmiI 50-100 I-SceI 50-100 |
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