安平古镇，即今晋江市安海镇。明崇禎元年(1628年) 九月郑芝龙抚于福建巡抚熊文灿，率部降明，诏授海防游击，任“五虎游击将军”，离开他多年经营的海上贸易根据地台湾，以安平为大本营，坐镇闽海。于安平桥以北建置豪华府地及以其故乡南安石井命名的石井书院。崇祯三年（1630年）十月迎福松（郑成功，时年7岁）归晋江安平。

清顺治二年（南明隆武元年，1645年）闰六月，郑芝龙、郑鸿逵与福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黃道周等，拥立唐王称帝於福州。郑芝龙受封平虏侯，掌握军政大权；旋晋平国公(二弟郑芝虎前战死)，三弟郑鸿逵(原名郑芝彪)为定西侯，旋进定国公，四弟郑芝豹(小字莽二)封澄济伯，侄兒郑彩亦封永胜伯，郑家官居极品。八月，隆武帝诏赐，晋平国公郑芝龙加太师。郑芝龙、郑鸿逵遂移师闽安。

南明隆武二年(清顺治三年，1646年)六月，清兵入閩，郑芝龙兄弟拥兵不進，八月，郑芝龙尽撤水军回晋江安平。郑成功镇仙霞关，郑芝龙不给軍粮，士兵逃散，郑成功不得已引回泉州，回安平探母。

南明隆武二年(清顺治三年，1646年)十一月十五日，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。贝勒拔砦挟持郑芝龙上京，授精骑呢哈番。清兵乃疾取兴化、漳、泉。

十一月三十日，清固山韩岱率兵進劫安平，郑芝龙弟郑芝豹、郑芝鹏“敛其众，挈家资、子女于巨舰，弃城泊外海”。清兵烧杀奸淫，安平镇十室九空，鸡犬不宁。翁夫人(田川氏)未及逃出，恐受辱，乃“拔剑破腹而死”(时十一月三十日己时，享年四十五)。郑成功在浯屿闻讯急挥师救援。清军见“船只塞海”，即弃城退回泉州。

郑成功起兵后，会从者仅三数百人，饷械两缺，部旅单弱。“时金门乃叔父定国公鸿逵所据；厦门为建国公郑彩同弟定远侯郑联所据；其上海坛、南日、南北二加、舟山等离岛，悉系鲁王遣闽安侯周瑞、平彝侯周鹤芝、定西侯张名振、阮美等分守；其下诸岛如铜山系朱寿所据；南澳系忠勇侯陈霸所据；惟安平块土，莫能展其所为。”

郑成功自称“招讨大将军”，“募兵措饷 ”、“修船练兵”。

南明隆武三年(清顺治四年，1647年)四月二十四日，郑成功部将林顺于晋江永宁一带招兵。清·固山韩岱闻报突袭永宁，乡民死难者2400余人。尚有逃于水关沟者，恰逢暴雨，水涨入沟，淹死甚众。

南明隆武三年(清顺治四年，1647年) 委黃愷措餉於安平镇。

南明永历五年（清顺治八年，1651年）十二月，郑成功接受参军冯澄世关于“修书与日本通商，下贩吕宋、暹罗、交趾等国”的建议，以晋江县安平为主要贸易港口，通贸日本等国。

永南明历九年（清顺治十二年，1655年）四月，郑鸿逵拆晋江安平城墙石料修筑东石、大盈、前埔等要塞以及白沙城，作为郑成功退守金门、厦门的前垒。

六月， 清廷又增兵入闽，前锋进逼安平。郑成功令安平、漳州、惠安、南安、同安各县队伍，退守金门、厦门与海澄。

南明永历十年（清顺治十三年，1656年）四月，清定远大将军济度率水师出泉州港攻思明及金门，遇风暴，郑成功部乘势进击，清军大败。清军进入安平，焚毁安平市镇及型厝、西土安、皇恩、后库等村庄。安平港再次遭到严重破坏，从此废弃闭绝近30年。