安徽医科大学档案馆前身是校办综合档案室，2008年12月设立档案馆，为校直属机构，副处级建制。经安徽省高等学校档案工作协会第三次常务理事会议批准为安徽省高等学校档案工作协会常务理事单位。学校曾多次荣获“省直单位档案工作先进单位”称号，2007年以安徽医科大学为组长的合肥地区高校档案协作组获评“省直单位档案工作先进协作组”。

安徽医科大学档案馆现有面积200多平方米，其中库房140平方米；库房、办公室、阅文室实行三分开，配备了计算机、扫描仪、刻录机、碎纸机、空调、复印机、去湿机，照相机、灭火器、吸尘器和温湿度计等档案办公现代化的相关设备。

馆藏始于1927年，截止至2007年底，馆藏档案总数46643卷（件），照片4667张。共分为党群、行政、外事、教学、科研、基建、财会、出版、声像等10大类。馆藏档案中多有珍品。学校建校八十周年校史编撰过程中，档案馆提供了73年前的珍贵史料——安徽医科大学前身上海东南医学院二二级（民国二十二年毕业，即1933年）毕业纪念刊、东南医学院建院8周年（即1934年）纪念册、东南医学院要览等，内有我国著名的民主主义革命家、教育家蔡元培的亲笔题词“好学力行”、“造就良医”。后被确立为安徽医科大学新的校训“好学力行，造就良医”。

档案馆建馆以来，得到了校党委和行政的关心和大力支持。2009年4月调整了全校档案工作领导组。2009年5月在校园网开通安徽医科大学档案馆网页，并同时建成馆内局域网。2009年下半年，档案馆即将迁入新址，馆舍面积近1400平方米，将逐步实现学校各门类档案的集中统一管理。

根据安徽医科大学“十一五”规划的发展目标和要求，档案馆正努力建成为全方位汇聚、安全保管安徽医科大学办学档案史料的基地，展示安徽医科大学深厚历史底蕴和深刻办学内涵的文化教育基地，逐步实现档案信息资源全面数字化，使档案工作真正融入现阶段跨越式发展的局面，为学校创建高水平教学研究型医科大学做好服务。