安徽省自然科学基金委员会负责制定安徽省自然科学基础研究发展的方针，对自然科学技术的重大问题提供决策咨询。

安徽省自然科学基金委员会的委员主要由高等学校、科研机构、政府部门和企业等方面的科学家、工程技术专家和管理专家组成，实行任期制，每届任期五年。

省人民政府财政部门依法对自然科学基金的预算、财务进行管理和监督，审计机关依法对自然科学基金的使用情况实施审计监督。

安徽省自然科学基金委员会办公室（以下简称省基金办）作为省基金委的日常办事机构，负责具体的日常管理工作，省基金办设在省科技厅。