安徽省水利科学研究院是水利工程综合性科学试验研究单位。承担大江大河治理、河床演变、水资源评价与开发利用、农业节水灌溉、排涝除渍综合治理及水工程、民用建筑、公路、桥梁的地基处理、建筑结构、建筑材料等课题的科学试验研究、检测、监理以及勘测、设计、咨询等工作。

该院下设有农田水利研究所、水文水资源研究所、结构材料研究所、土工研究所、水工研究所、建筑设计室、微机自动化研究所和科技信息中心。管理科室有党政办公室、人事科、计划财务科、经济技术开发部、物业管理办公室、监察室和离退休办公室。

院总部以外建有四大试验基地，分别是梅山高速水流试验室、淮河河工试验基地、新马桥农水实验站和五道沟水文水资源实验站。经省科技厅批准，农水实验站和水文水资源实验站被列为“安徽省水利水资源重点实验室”。另有安徽省建筑工程质量检测监督站，安徽省水利工程质量检测中心站，淮河流域水工程质量检测中心，安徽省大禹工程建设监理咨询部，安徽省水利厅闸坝安全检测中心和安徽水利科技推广服务中心等检测、监理机构。

2003年年底，全院有职工305人。在职人员171人，其中教授级高工5人，高级工程师38人，工程师42人，固定资产总值5800万元。全年共签订技术合同365项，收入达2600余万元，比2002年增长15%，新增固定资产1247万元。

该院依靠自身的科研技术实力，先后承接了一些大中型水利工程试验研究项目。与四川大学共同承担的国家自然科学基金项目—“气泡尺寸及其概率分布在掺气减蚀中的作用”，已完成试验水槽设计及掺气流速仪的研制。承接“十五”水利科研建设项目及重大建设推广项目7项。其中《安徽淮北井灌研究》和《节水灌溉工程效益与管理模式研究》通过验收评审，并达到国内领先水平；淮北第三发电厂水资源论证、淮北市200万t甲醇工程水资源论证、淮北市水土保持规划等3个项目通过评审，取得了很好的社会效益和经济效益。同时，还承接了安徽省节水灌溉发展模式研究、安徽省大中型灌区渠系及末级渠系调研报告、安徽省灌溉用水定额编制评价、安徽省淮北平原灌溉工程建设与管理等项目。是年，省水科院还有一批项目获得了省部级奖励，其中：“火/核电厂循环供水管道系统局部阻力及其相邻影响研究”获中国电力科学技术二等奖，“江淮丘陵区节水灌溉技术研究”“淮北地区作物－水模型与优化灌溉制度研究”获省科学技术三等奖。30篇论文参加“安徽省第三届自然科学优秀论文评选活动”，分别获二、三等奖。在国内公开出版的学术期刊上发表科技论文60余篇。《PIC系列单片机的开发应用实战》《水文水资源分析研究》两部专著公开出版发行。