安徽省农业科学院烟草研究所成立于1947年，是全国成立较早的三个省级烟草所之一，是全省唯一烟草科学研究机构。2005年12月所址由凤阳变更至合肥院部。2008年为配合安徽省玉米振兴计划，农科院依托烟草所整合玉米科研资源，成立了“安徽省农业科学院玉米研究中心”。 截止2008年底，烟草所下设育种、栽培、植保、烘烤、测试分析5个研究室；建有“安徽省烟叶土壤测试分析中心”、“安徽省烟草病虫害预测预报中心”；拥有生物技术、测试分析实验室和凤阳、宣城、阜南、合肥试验示范基地。该所承担着全省的烟草科学研究和技术服务工作，是安徽中烟工业公司省外基地的重要技术依托单位。全所现有职工81人，其中科研人员37人（高级职称13人，中级职称12人，初级职称人12人），工人44人（含技师5人）；博士5人，硕士6人，有突出贡献、享受政府特殊津贴的1人。 “六五”至“八五”期间，先后承担国家、省重点科研项目15项。选育、鉴定、引进、推广烟草新品种15个，1983年率先用花药组培法育成烟草新品种“皖烟1号”和特异新品系“7624”。1989年通过鉴定的烤烟新品系“S79-1”，累计推广2万公顷，取得社会经济效益2000万元。2003年“优质烟叶生产技术改进研究”和2006年“安徽省烤烟平衡施肥技术研究”分别获安徽省科技进步奖三等奖。中共十一届三中全会以来，获得厅级以上科技奖22项，搜集整理烟草品种资源834份，发表论文和调查试验报告500余篇，先后参与《中国烟草栽培学》、《中国农业百科全书》等10本专著的编写工作，主持编写了《安徽烟草种植区划报告》、《烟草学》和《安徽省烟草科学研究论文集》等10本著作。1998～2000年，与美国环球烟叶远东有限公司开展国际合作研究。1994～2008年，共抽调高中级科技人员266人次，深入我省11个县（市）和省外（四川、湖南、贵州、福建）从事烟叶生产技术服务工作。随着玉米科研资源的整合，烟草所按照“烟草、玉米两级提升，强化服务‘三农’意识，支撑安徽烟草、玉米事业发展”的总体理念与思路，努力建设一流的农业科研机构。