安徽省阜阳市农业科学研究所成立于1959年9月，是阜阳市农业科研中心。主要从事小麦、大豆、甘薯、玉米、芝麻、棉花等作物的育种栽培研究以及农业技术成果的开发应用工作。经过50年的发展，已成为省内规模较大、力量较强、学科较为齐全、社会贡献比较显著的农业科研单位，跻身于全省地市级农科所前列。20世纪90年代以来，阜阳市农科所多次被省、市政府授予先进单位和通报嘉奖，并赢得了国家、省、市等领导部门的极大关注和充分好评。温家宝、宋平、回良玉等党和国家领导人以及李振声、盖钧益等院士专家学者曾莅临视察指导工作。

现有机构设置分为科研、开发和管理三大系统，下设科研、生产、人秘三个职能科。拥有小麦、大豆、甘薯、经济作物、分析测试、土肥植保、园艺组培七个研究室和一个开发机构（阜阳市农科所种子公司）。现有职工95人，其中研究员2人，高级农艺师9人，农艺师13人。建有人工气候室40㎡，品质检测室80㎡，种子检验室80㎡，标准化种子仓储1500㎡，钢架玻璃温室987㎡，农业科技示范园区33亩，育种试验田260亩，拥有固定资产8800万元。