词条 | Turbomole |
释义 | 简介Turbomole是德国卡尔斯鲁厄大学R. Ahlrichs教授领导的理论化学小组开发的一组量子化学计算程序。 Turbomole被认为是进行HF,DFT,MP2计算最快最稳定的代码之一。它的特色不是新方法和新功能,而在于解决如何用尽量短的时间和尽量少的内存需求,快速、稳定地处理工业应用型的分子。特别是它独有的RI-DFT方法,据称可以较其它大多数DFT程序节省10倍的CPU时间,因此非常适合于大分子计算或中等分子的重复性计算(如几何优化)。Turbomole目前支持串行和并行两种计算模式,可以运行于大多数主流UNIX平台上。TURBOMOLE今后将由COSMOlogic公司负责管理和销售。可以下载DEMO版,在Linux系统中运行。 功能1. 基本算法和性能: 半直接算法可以调整主内存和硬盘空间需求;Fortran 90动态内存分配;用于数值积分稳定和准确的网格;内存和硬盘空间要求低;可以使用所有的点群;用RI技术对双电子积分做近似(用于MP2、DFT、CC2);使用线性标度算法降低内存需求。 2. 能量计算: 对于闭壳层和开壳层体系,可以进行的计算类型有:SCF(也就是Hartree-Fock),高效的RI技术用于MP2、CC2、DFT,此外还能进行从头分子动力学(AIMD)计算;使用多极加速RI-J近似的O(N)-RIDFT;COSMO程序对能量进行闭壳层和开壳层计算;CIS、CIS(D)、CC2、TDHF (RPA)或TDDFT计算电子激发能,可用于自旋非限制情况;CIS、TDHF和TDDFT的激发能计算可以用Block-Davidson算法;RI-TDDFT方法。 3. 能量梯度和能量二阶微分: 力场级别的全局力场(UFF)进行几何优化和解析笛卡尔Hessian计算;DFT级别的解析闭壳层Hessian计算;能量和梯度的闭壳层和开壳层计算;使用约化梯度的过渡态寻找算法;CPHF用于作用力的计算;COSMO程序对梯度进行闭壳层和开壳层计算;部分使用了RI近似的解析二阶导数计算;CIS、RPA和TDDFT进行激发态几何优化以及(数值的)力常数计算;RI-CC2对基态进行几何优化和力常数计算(使用数值的Hessian)。 4. 分子性质计算: SCF、DFT或MP2级别的GIAO方法计算NMR;RI-CC2计算基态和激发态的单电子特性;CIS、RPA和TDDFT计算激发态特性;RI-TDDFT方法计算动态极化率和旋光色散。 5.7版新增功能: ECP支持到l-角动量。 改善了到d-函数的解析二阶导数计算。 二阶代数图解精度ADC(2)的激发能。 显示基态、激发态的电子密度和微分密度。 在TDDFT中使用RI-J近似,用于激发态特性,几何优化,和(数值)力常数的计算。 用于多级加速RI-J (MARIJ)的解析梯度。 加入TPSS和TPSSH两种meta-GGA泛函(用于能量和梯度),包含RI-J。 辅助基函数优化的梯度,用于RI-MP2和RI-CC2计算。 4-zeta价电子质量的基组,用于原子H-Kr。 改善的过渡态优化;增加了新的基态几何优化程序。 自旋非限制的精确交换方法,用于LHF近似。 更容易阅读的使用手册电子文档。 5.8版新增功能: 1. 对从H到Rn的元素(除镧系外)加入新的基组,对周期表的元素有一致的精度; 2. 加入5p和6p元素的小核ECP及相应的基组; 3. ECP程序支持g-投影(仅用于能量和梯度); 4. 并行多极加速RI-J方法(MARI-J); 5. 更快的积分程序,特别用于RI处理; 6. 对分子特性、波函分析工具和到图形工具的接口程序改善了功能,并简化了操作; 7. RI-CC2的激发态解析梯度; 8. 对RI-MP2和RI-CC2基态能量,以及RI-CIS(D),RI-CC2和RI-ADC(2)激发态能量实现并行化; 9. 输入模块的定义完全支持ricc2程序; 10.对使用QZVPP (H-Kr)和cc-pwCVXZ (B-Ne, Al-Ar)轨道基组的RI-MP2/RI-CC2计算加入了辅助基组; 11.COSMO包括对称性和更稳定的A-矩阵设置; 12.分子动力学中加入键长限制以及凝聚相中的虚空穴; 13.友好的新输入生成程序TMOLE,具有多种功能(如Z-矩阵输入,势能曲线计算,等); 14.新的DIIS方法和阻尼,默认用于加速SCF收敛; 15.当最小化和过渡态优化失败时,自动在内坐标和直角坐标间切换; 16.最大原子数目和基函数数目分别增加到700和10000。 5.9版新增功能: 1. 方法: a. RI-J用于Hartree-Fock和DFT混合泛函,提高效率; b. RI-JK梯度和DFT混合泛函计算的增强 c. aoforce模块增强,可进行一直到g函数基组和一直到g投影的ECP的解析谐振频率计算; d. RI-CC2/RI-MP2:对基态和激发态的梯度并行化,以及激发态ADC(2)和CIS(D_infinity)的梯度; e. MD:使用Nose-Hoover温度控制的有限温度正则Born-Oppenheimer分子动力学; f. NPA:Weinhold的自然布居分析; g. 新的自动优化方法用于最低点和过渡结构;改善了内冗余坐标的总稳定性及生成; h. RI-MP2-R12:闭壳层和开壳层体系的单点显式关联RI-MP2-R12能量; i. BSSE:完全函数平衡方法执行结构优化,可避免基组重叠误差。 2. 效率: a.RI-J结合Hartee-Fock交换,使得大型Hartree-Fock或DFT混合泛函的计算加速; b.MARI-J (多极加速RI-J):在减少总计算量的前提下提高了精度; c.更好的并行加速度; d.aoforce模块:提高了效率。 3. 基组和辅助基组: a.镧系和锕系直到Lr的基祖; b.RI-J辅助基组(jbasen)用于def2-基组(H-Rn)以及def-基祖(镧系和锕系); c.RI-JK辅助基组(jkbasen)用于所有的三、四zeta价电子基组,包括镧系和锕系; d.用于RI-MP2和RI-CC2的新辅助基组(cbasen),包括:def2-QZVPP用于Rb-Rn(不包括镧系);def2-SVP,def2-TZVP,和def2-TZVPP用于H-Rn(不包括镧系);(aug-)cc-pVXZ-PP和(aug-)cc-pwCVXZ-PP,其中X=D,T,Q,5,用于Cu,Ag,Au和Zn,Cd,Hg; e.一直到l函数的辅助基组。 4. DFT求积分: a.新的格点用于镧系和锕系直到Lr; b.格点优化:DFT不再有“未优化格点”; c.DFT格点扩展到弥散情况; d.修改了积分的数值问题。 TURBOMOLE 5.9.1的新功能: 1. Linux/PC和Itanium2/Linux并行版使用HP-MPI。 2. statpt可以固定笛卡尔坐标;更稳定的内坐标。 3. Windows版的Turbomole。 4. 新的图形用户界面TmoleX。 TURBOMOLE 5.10的新功能: 1. 振动拉曼强度:含频TDHF和(杂化)TDDFT极化率的解析二阶导。 2. 自旋轨道耦合:用自旋轨道ECP的二分量RI-Hartree-Fock和RI-DFT计算。 3. SCS-RI-MP2:闭壳层HF和UHF参考态、并行和串行执行的能量及梯度。 4. 周期点电荷:用于HF和DFT的能量和梯度计算。 5. DFT+D:包含色散的DFT。 6. COSMO用于RI-MP2计算。 7. 特性:Merz-Kollman ESP拟合。 8. 自旋反转用于破缺对称性的处理。 9. 改善了效率:基于RI-HF的RI-MP2/RI-CC2梯度和特性;NumForce可以操作冻结笛卡尔坐标;NumForce和jobex可以把RI-JK和RI-MP2/RI-CC2一起使用。 10.工具:用二进制格式保存分子轨道文件;tm2molden支持g函数;3D格点文件使用cube格式;把振动频率输出转化到G98格式。 TURBOMOLE 6.0的新功能: 1. 功能:SCS-CC2计算基态和激发态的能量,梯度,跃迁矩及一阶特性;解析二阶导数支持meta-GGA泛函(TPSS,TPSSh)) ;MP2-F12;点电荷的梯度用于QM/MM;MP2-COSMO梯度;流程图管理脚本MoleControl;DFT积分使用不同的密度。 2. 效率:DFT基态能量计算用差分密度加速;默认优化程序从relax改为statpt;临界点计算和固定优化坐标更稳定;改善了解析二阶导计算的效率;ADC(2)级别的并行梯度和响应特性已经完全工作。 3. 工具:MoleControl用Python脚本控制任务;分析二分量相对论波函;vibration脚本产生gnupolt输入文件,显示IR振动光谱;输出轨道到AOMix程序;对post-SCF热力学特性使用换算的等密度空穴进行COSMO计算;简化COSMO的安装;简化了特性和波函分析;基组库添加了更多基组;改变了并行版本的默认设置。 TURBOMOLE 6.1的新功能: 1. 功能:N自旋标度SOS-RI-MP2;更快的MP2-F12;CC2激发态之间的单电子跃迁距;C1点群的Douglas-Kroll-Hess能量;并行的增强。 2. 效率:对于AMD CPU,速度提高了30%;提高了并行版的速度;MPI版减少了主节点的CPU使用。 TURBOMOLE 6.2的新功能: 1. 功能:首次执行CCSD,CCSD(F12)各种变体,以及CCSD(T)(ricc2模块)。 2. 效率:用OpenMP并行执行LHF(dscf模块)。 3. 使用:TmoleX 3.0:加入预优化工具MOPAC7,显示光谱,PES扫描的新方法,支持TURBOMOLE的更多功能;LHF支持到h函数和使用ECP的重元素;在用户定制的格点上绘制交换关联势图;MoleControl 2.1版。 |
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