【关于PAUP*】

【开发者】

【开发史】

【Nexus文件格式】

【相关资料】

【运行环境】

【关于PAUP*】

PAUP*：Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)

PAUP*是一款用于构建进化树（系统发育树）及进行相关检验的软件，包含了众多分子进化模型和方法，可利用最大似然法、简约法、距离法等分析分子数据（DNA、蛋白质序列）、形态学数据及其他类型的数据（如行为学数据）。

该软件主要用于进化生物学研究，也可用于保护生物学、生态学和法医学研究。截至目前，PAUP是应用最广泛的系统发育分析软件。

【开发者】

David L. Swofford

Professor

Department of Biological Science,

Florida State University,

Tallahassee, FL 32306

E-mail: swofford@csit.fsu.edu

个人网页：http://www.bio.fsu.edu/faculty-swofford.php

【开发史】

截至2008.12月，最新版本为：4.0 Beta 10 。

该软件最初的版本叫PAUP（Phylogenetic Analysis Using Parsimony），主要是应用简约法进行系统发育分析。

Swofford, D.L. 1991. PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony, Macintosh Version3.0r, Computer program.

2001年，Swofford 教授推出整合了最大似然法（maximum likelihood）和距离法（distance-based methods）的PAUP* 4.0；并于2002年推出光盘版的4.0 Beta。

Swofford, D. L. 2001. PAUP* . Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Swofford, D.L. 2002. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Sinauer Associates, Sunderland MA. (Program)

【Nexus文件格式】

PAUP*软件要求输入的数据文件为NEXUS文件，有其特定的格式要求，要注意的包括：#的使用 、分号的使用、数据类型的界定、end的使用等。示例如下：

---------------------------------------------------------------------------------

#nexus

begin data;

dimensions ntax=4 nchar=60;

format datatype=dna interleave=yes gap=- missing=?;

matrix

A11 ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGATGCAACATCACCAATCATAGAAGAACTA

A22 ATGGCACACCCAACGCAACTAGGTTTCAAGGACGCGGCCATACCCGTTATAGAGGAACTT

A33 ATGGCCAACCACTCCCAACTAGGCTTTCAAGACGCCTCATCCCCCATCATAGAAGAGCTC

A44 ATGGCACATGCAGCGCAAGTAGGTCTACAAGACGCTACTTCCCCTATCATAGAAGAGCTT

;

end;

-------------------------------------------------------------------------

【相关资料】

有关资料下载和疑问解答，可以查看PAUP的官方网页。

http://paup.csit.fsu.edu/downl.html

http://paup.csit.fsu.edu/paupfaq/faq.html

还有一个很有用的网址，可以学习很多种进化软件的使用：

http://www.molecularevolution.org/cdc/software/paup*/

【运行环境】

PAUP*可以在Macintosh、Windows、UNIX / VMS、DOS环境下运行。

Windows系统要求：

Windows 95、98、ME、NT、2000、XP、Vista.

最少4 M RAM（分析大的数据集需要更多的存储空间）

最少2 M 硬盘空间