HIDS全称是Host-based Intrusion Detection System，即基于主机型入侵检测系统。作为计算机系统的监视器和分析器，它并不作用于外部接口，而是专注于系统内部，监视系统全部或部分的动态的行为以及整个计算机系统的状态。由于HIDS动态地检查网络数据包这一特性，它可以检测到哪一个程序访问了什么资源以及确保文字处理器（Word-Processor）不会突然的、无缘无故的启动并修改系统密码数据库。同样的，不管是往内存、文件系统、日志文件还是其它地方存储信息，HIDS会一直监控系统状态，并且核对他们是否还预期相同。

HIDS运行依赖与这样一个原理：一个成功的入侵者一般而言都会留下他们入侵的痕迹。这样，计算机管理员就可以察觉到一些系统的修改，HIDS亦能检测并报告出检测结果。

一般而言，HIDS使用一个它们所监视的目标系统以及文件系统（非必需）的数据库，HIDS也可以核对内存中未被非法修改的区域。对于每一个正被处理的目标文件来说，HIDS会记录下他们的属性（如权限、大小、修改时间等）然后，如果该文件有其文件内容的话，HIDS将会创建一个校验码（如SHA1，MD5或类似）。这个校验码信息将储存在一个安全的数据库中，即校验码数据库，以便将来的核对。