GoboLinux是一个开源操作系统，其最显著的特色是重新组织的文件系统层次结构。它没有遵循以往类UNIX操作系统的文件系统层次结构标准（FHS）。在GoboLinux下，每个软件都有自己的子目录树，其下包含它属的所有文件。因此，程序“Foo”的专属文件与库都在" /Programs/Foo "目录下。很明显，“可执行”文件位于" /Programs/Foo "。根据GoboLinux开发者的观点，其意义在于构建一个在文件层级上结构明晰的系统。

文件系统层次结构

GoboLinux的设计受一些较早操作系统的影响，如NEXTSTEP，AtheOS and BeOS，另保留原有的文件系统结构以保持对UNIX的兼容性。 GoboLinux目录树的根目录下，有6个目录：Programs, Users, System, Files, Mount and Depot. 每个目录的内容如下：

/Programs/ - 包含安装的程序。每个程序各有其文件夹，每个文件夹下包含一个或多个版本的子文件夹，亦可能有配置子文件夹。例如：/Programs/Bash/3.0/bin/bash 与/Programs/Xorg-Server/Settings/X11/xorg.conf.

/Users/ - 包含各个用户的主目录。如账号为"harley" 的用户会有一个主目录 "/Users/harley"。

/System/ - 包含重要的系统文件。大部分是系统应用程序（如，/System/Settings/passwd）与GoboLinux 脚本程序（例如， /System/Links）.

/Files/ - 包含程序使用的结构化数据，它们被程序调用但不是程序本身的组成部分。这些文件通常为单独的实体，如字体，解码器，插件。

/Mount/ - 本地或远程文件系统的挂载点。常见的子目录有CD-ROM，软盘，Zip盘。

/Depot/ - 用户文件存储。