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词条 GC-skew
释义

skew有歪,斜,偏的意思,GC-skew翻译为GC歪斜或GC偏移。GC skew = (G - C)/(G -C),用来衡量G和C的相对含量,如果G>C则GC skew的值为真值,G<C则为负值。

在大多数细菌基因组中,我们注意到前导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)在碱基组成上存在很明显的不同——前导链富含G和T,而滞后链中的A和C更多一些。打破A=T和C=G的碱基频率发生的偏移,被称之为“AT(AT-skew)”和“GC(GC-skew)”。由于通常GC偏移比AT偏移发生的更明显,所以习惯上更多地只考虑GC偏移。

因为GC偏移在前导链中是正值而在滞后链中为负值,所以GC偏移值是前导链起点、终点以及转变成滞后链的信号,反之亦然。这使得GC偏移成为在环状染色体(circular chromosomes)中标记起点和终点的一个有用的工具。

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更新时间:2025/3/4 11:47:07