自然保护区评价标准是在选择和确定自然保护区时，判断其优劣、取舍以及保护价值、等级的标准。由于自然保护区类型的多样和条件的复杂性，通常可以采用一系列标准进行综合分析和判断，常用的指标有：典型性、稀有性、脆弱性、多样性、面积大小、天然性、感染力、潜在价值和科研潜力等。对不同类型的自然保护区来说，这些指标的要求程度是不一样的，如对于以保护生态系统为目的的保护区，其典型性或代表性就至关重要，而对于保护某种生物为主的保护区来说，稀有性和脆弱性就显得更为重要。