重庆市巫溪县中学校引前身为“四川省巫溪县立初级中学”。1940年4月，为解决本县学生“因额见遗”和“无力远道求学”之困境，奉节、巫山、巫溪三县联合设立初级中学于巫溪。校址订于县城南门湾麟山脚下，广场后方，校名订为“四川省巫溪县立初级中学”，8月招生，9月行课。

1940年至1944年，学校办得很有生气，巫山、奉节、云阳等邻县亦有学生来巫中就读。为解决本县师资匮缺问题，学校曾于1942年设立国民教育师资训练班一个，1947年设简易师范班一个。

1950年4月，学校复课，学校更名为“川东区巫溪中学”。

1952年，川东、川南、川西、川北四行政区合并为四川省，1953年秋，学校更名为“巫溪县级中学校”。

1958年秋，学校升格为完全中学，开始招收第一届高中班（高61级），学校更名为“四川省巫溪中学”。1961年至1963年，学校高考成绩显著，特别是高63级，39人参考，16人上大学本科，名列全地区第二，受到专署文教科表彰。

1964年，学校迁址，校址由县城南门湾迁至离校5华里的赵家坝，占地约45亩。

1971年3月，巫溪中学、上磺中学、塘坊中学、大河中学四校联合，在红池坝办农场，师生分批到红池坝劳动锻炼。

1979年秋，学校被定为全地区16所重点学校之一，开始面向全县招生。1980年5月，学校更名为“巫溪县中学校”。1983年高考上线人数超过前三年总和，地区教育局、行署文办发来贺电。

1989年10月，学校举办50周年校庆，设置了“校友奖学金”。

1993年8月，学校实施校长负责制和全员聘任制。初一开办家长学校，在高一开展军事训练，高中开办党章学习班。

1997年，重庆市直辖后，学校更名为“重庆市巫溪县中学校”。

1999年、2001年，学校两次扩校。2002年至2004年，学校又征地40余亩，相继建成了千兆校园网、多媒体教室、新教学大楼、学术报告厅、重庆市一流的现代化男女生公寓、师生食堂、300M环形跑道的塑胶运动场，科技大楼正在建设之中。