迄今，植物病原细菌的主要类群有14个属，除土壤杆菌(Agrobacterium)、欧文氏菌属(Erwinia)、假单胞菌属(Pseudomonas)、黄单胞菌属(Xanthomonas)和链丝菌属(Streptomyces)之外，革兰氏阴性菌增加了嗜酸菌属(Acidovorax)、根杆菌属(Rhizobzcter)、根单胞菌属(Rhizomonas)、嗜木质菌属(Xylophilus)、泛生菌属(Pantoea)和木质部小菌属(xylella)等；革兰氏阳性细菌则有棒形杆菌属（Clavibacter）、节杆菌属(Arthrobacter)、短小杆菌属(Curtobacter)、红球菌属(Rhodococxcus)和芽孢杆菌属(Bacillus)等。1992年以来，植物病原细菌又增加了布克氏菌属和韧皮部杆菌属等