张芝元，四川清溪人，清朝将领。以千总从副将军明亮征金川有功，积官至越巂营参将。金川酋以番僧诇军事，芝元言於明亮曰：“军事每为贼知，非去其谍，灭贼无日矣。”会大风雪，明亮命芝元率数十人伪若以他事出者，宿番僧寺中。芝元故通番语，与僧饮甚欢，僧醉眠，芝元出寺聚柴焚之，僧皆死。贼谍断，因招降其众。寻从成都将军特成额驻兵江卡，捕夹坝，围本肯贼寨，焚其碉，毙贼甚众，擢懋功协副将。

台湾林爽文为乱，芝元率屯练降番佐军。参赞海兰察等分攻大埔林、中林、大埔尾三庄，芝元为策应。贼据小半天山，将军福康安等自前山进，芝元与领队大臣普尔普领兵别为一队，夜半先发，绕大山夹攻贼后。黎明，诸军同抵山麓，攀援上，贼力拒，芝元先登，拔其栅，斩获无算，并堵贼去路。未几，爽文就擒。台湾平，擢建昌镇总兵，图形紫光阁，列前二十功臣。寻调松潘镇总兵。

廓尔喀掠西藏济咙、聂拉木，上命芝元率屯练降番往讨之。芝元至，值大雪，山谷皆满。芝元手大刀指挥，士卒皆感激用命，贼败走。廓尔喀再叛，芝元偕提督成德督兵攻聂拉木，守拍甲岭隘口断贼援，聂拉木遂下；乘胜攻济咙，复克之，贼惧，乞降。未几，卒。五十八年，论平定廓尔喀功，再图形紫光阁，列后十五功臣。

芝元少以小校事宋元俊，后乃雪元俊枉。人以是多芝元，亦益贤元俊能知人也。