神兵玄奇中，混沌初开阴阳分离，阳气成神，是为元始天尊；阴气聚魔，是为元祖天魔。元始天尊创造天神一族于人世间生活，元祖天魔觊觎人世间的美好环境率领魔族抢夺人世间，妄图灭绝其他种族。元始天尊率领神族与其对战，世间第一次神魔大战爆发。在漫长的战争中，元祖天魔战败，但神族也遭受重创，而元始天尊亦受重伤。天魔不甘失败竟然吞噬天地，自阴阳相分之时，阴气远大于阳气，故而元祖天魔吸收天地阴气以达到独阴或独阳。孤阴不长，独阳不生，若使其下去必将天地毁灭，元始天尊拼着最后的神力拉起玄天巨网，结成星河天茧，困天魔于苍穹之外，再以元神化作十方天干神兽予以镇压。至此，第一次神魔大战结束。

但是天魔企图脱困，于被困前挣开天网一个细微缺口释放由自己身躯化成的十颗魔珠，待到时机成熟便可破碎天网，释放天魔，继而毁灭众生。每一代天神统领害怕天魔释放，便时刻看管天魔。女娲等天神更是降下神兵以对抗魔珠，这便是神兵玄奇的开始。

天魔分支

元祖天魔为脱困天网，与凡间投下数招暗棋。

邪帝

本为为元祖天魔于百年前至阴之时，撕破天网一细小缺口，投入凡间一口魔气。投生神道盟，为盟主二子。后于成人礼时受帝恨刀魔气影响，化身成魔，致使一家人惨死。后为得天外陨石中魔珠，被鬼谷门门主——鬼谷先师封印，百年后方才重获自由。凭借自创三刀、三剑、刀剑齐施九大绝技扫荡天下，未逢敌手。

牛郎

为玄天邪帝元灵灵童，玄天邪帝被封印之前释放自身元灵，以图解困。位列江湖十大新秀之一，为巨剑门弟子，因不服门中师长所为，而离开门派，闯荡江湖行侠仗义。后掌握着虎魄七大限里的六大限。成为虎魄在蚩尤后的另一位主人。同时，牛郎也是悲剧人物。他天性善良，心存对北冥雪的爱，但却嫉恨问天，误入魔道，在最后才迷途知返。

异魔

无神无相为天魔丹田元气所化。元祖天魔被困之后，不甘失败，遂于被封印之前，将自己身躯灌注元气，演变为十颗魔珠，希望能收集世间负面情感成就魔兵。后于至阴之时强行挣开天网一个细小缺口，释放自己一口魔气下界，以期转化人形助魔珠收集负面情感——是为玄天邪帝。然狡兔三窟，若是邪帝无法完成任务，便需另一代替，遂在释放魔珠之时，亦将自己丹田元气聚炼成魔——是为异魔，但其无形，恰逢女娲补天铸就天晶，心中产生邪念，异魔乘机入侵，寄居女娲身体之内成就肉身。并企图诱惑女娲以天晶破开天网，女娲识破其计谋，以天晶自伤己身，令异魔肉身自毁，其臂骨掉入西方之地，为罗刹神所得，并以之为材料铸就天神兵噬魂。异魔肉身自毁后寄居于女娲星槎之内等待时机以期能借尸还魂。后遇玄天邪帝借女娲之力成人，使得南宫问菜灵力消耗过度以致昏迷，异魔乘机潜伏于问菜体内控制其身躯。后于神道盟总部遇被神道盟所抓之牛郎，异魔感其邪性遂与其达成协议，以助牛郎成就玄功为代价，共同释放天魔。