顺治三年（1646）十月十四日，大明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等拥立明神宗之孙、桂王朱由榔监国于肇庆，以明年为永历元年。十一月十八日，桂王朱由榔正式继位于肇庆，是为永历王朝。这是南明最后一个，也是维持时间最久（达十五年）的王朝。永历王朝实质上是一个明朝皇室抗清派和李自成、张献忠农民军余部合作抗清的政权。永历帝虽然是一个胆小的人，但绝不昏庸腐朽、贪生怕死，用人较为得当。但是，由于一开始与绍武帝争立消耗了兵马，且清兵来势汹汹，明军无力抗拒，只得到处奔跑，没有过一天安稳日子。自永历元年初清军进入广州，他慌忙从肇庆迁往梧州，接着又先后逃往桂林、全州、柳州、昆明，最后从昆明逃到缅甸。但是，由于南明将领何腾蛟、瞿式耜先后联合郝摇旗、李锦、李定国等领导的农民军余部，进行抗清斗争，两度声势很盛，出现了两次抗清高潮，给清军以沉重的打击，永历王朝曾控制了广东、广西、湖南、江西、四川、云南、贵州七省。永历王朝内部派系复杂，纷争不息；统治集团和农民军领袖间也矛盾重重；农民军内部由于孙可望叛变投清，陷于四分五裂，这就为清兵进军西南创立了条件。永历十二年闰三月，永历帝在吴三桂率领的清军节节进逼下，仓皇逃往缅甸。最终永历帝被吴三桂用弓弦勒死。