杨士燮，祖籍安徽泗州，其祖杨殿邦于道光二十六年(1846)来淮任漕运总督，咸丰三年(1852)卸任后在淮安定居。杨士燮于光绪二十年（1894）甲午恩科会试中二甲第 62 名进士，与清末状元、著名实业家张謇是同年。

杨士燮曾公派赴日本考察学务，担任横浜总领事官。回国后，补授江西道监察御使，负责管理京师五城街道，接着任山西副主考，授兵科给事中。随后，杨士燮先后被调任山西平阳府知府、大同府知府、嘉兴府知府、杭州府知府，浙江巡警道。杨士燮在杭州任浙江巡警道时，曾游玩来鹤亭时，并留下：“此地还宜招鹤伴，隔湖常看渡鸥来”词句。

杨士燮兄弟八人，他排行老大。八兄弟分别为：老大：杨士燮、老二：杨士普、老三：杨士晟、老四：杨士骧、老五：杨士琦、老六不详、老七：杨士辁、老八：杨士骢。其中：老二：士普、老六和老七士辁前卒，即未成年去世。吴棠的女儿成了杨家的长嫂之后决心资助弟弟们读书进学。在杨士燮的带领和吴氏的资助下杨家弟兄八人发奋读书并参加科考，五兄弟中四人中进士，点翰林，只有老五杨士琦未中过进士，只是个秀才，却做了高官。这在当时，甚至历史上都不能不说少有之事。

杨士燮父亲早逝，身为长兄的他毅然担负起照顾弟弟们的重担。他的妻子是四川总督吴棠的女儿，这一婚姻使杨家的状况和命运大为改观。

杨士燮的孙子，我国大翻译家杨宪益在其自传中写到：　（祖父）杨士燮性格诙谐，喜自嘲，自号" 三湖太守" ，“ 三湖” 者，“ 三壶” 也。即烟壶、酒壶和尿壶。