厌气性细菌是在生命活动中不需要氧气而进行无氧呼吸的细菌。这类细菌只在无氧的环境中活动，氧气具有毒害作用。甲烷菌即属于此类细菌。有机质丰富的水底污泥中，厌气性的纤维素分解等把复杂的有机质逐渐分解成醋酸、乳酸、丁醇、甲醇、乙醇等简单有机物和CO2、H2、H2S、NH3等无机物，甲烷菌进一步同化有机酸和醇类，把CO2还原成CH4。人们利用甲烷菌等产生沼气，利用厌气细菌净化各种有机废物和污水。