明景泰三年(1452年)，为防倭寇内侵，镇守尚书薛希琏增设小埕水寨于定海守御千户所前，有寨兵4402名。寨址以城堡为中心，沿城凿濠注水，绵延数千米，气势宏伟，与兴化南日山、福宁烽火门、泉州浯屿、漳州铜山并称当时闽海五大水寨，隶属福宁卫。到了明中叶，由于财政拮据，军备松弛，将弁世袭，贪污腐败严重，且常骚扰人民，屯田锐减，兵员缺额，战船十不存一，兵额减少一半以上，水寨仅存兵2117人。到了嘉靖四十二年(1563年)只剩下旗军1064人、战船47艘。