萧雅全1967年12月20日生于台北，1988年进入国立艺术学院美术系就读时，开始拍摄实验短片，第一部是《型态》，1989年拍了《节拍器》和《告白》，已展现出影像创作能力。 1990年萧雅全推出第四部实验短片《五个镜头》，该片描述一个房间里所发生的事情，五个朋友共同策划着一出戏剧，摄影机则扮演他们各自的观点。

在这些线索交织下，存在几种合理的可能。本片内容近故事剧叙述，影像造型结构细心，但由于整体节奏的控制多有瞻顾，稍嫌冗长。另外虽然能利用媒体特性，但表现手法铺陈堆砌。本片获1990年第2届金带奖最佳造型艺术佳作奖。

1991年萧雅全从国立艺术学院毕业，拍摄《二又六分之一》，获第14届金穗奖最佳实验片录像带奖。1993年“电影年”活动设电影创作培训班，萧雅全和林正盛、陈玉勋同时加入该班受训，颇得焦雄屏老师的赏识。

1994年萧雅全创作29分钟短片《倒数契约》，入选同年金马奖国际影展观摩片，及1995年第18届金穗奖优等短片。1995年12月编导了长度为5分钟的实验录像带《杠在那儿》，更博好评。该片由林哲强摄影、侯志坚音乐，描写1995年的台湾是什么样子。本片为1996年第一届釜山国际影展观摩作品，并获得1996年第19届金穗奖最佳实验录像带奖。

1998年萧雅全担任侯孝贤电影《海上花》的副导演。2000年萧雅全编导了自己的第一部剧情长片《命带追逐》。该片获新闻局88年度(1999年)500万元国片辅导金，由长澍视听传播公司出品，片长72分钟，由侯孝贤监制，李俊杰、范筱梵、王沛萁主演，并获2000年台北电影节商业推荐评估奖最佳影片、导演新人奖，第15届(2001年)日本福冈电影节亚洲电影首奖，为第54届(2001年)戛纳国际电影节导演双周单元金摄影机奖参选片，第25届(2001年)香港电影节观摩影片。

2010年，萧雅全导演电影《第36个故事》（英文名为：Taipei Exchanges），荣获2010台北电影节 观众票选奖、最佳音乐奖 。该片监制为侯孝贤，故事温馨甜蜜，耐人寻味。